PCR荧光定量在分子生物学研究中的应用：
 

　　1、核酸定量分析：对传染性疾病进行定量定性分析，病原微生物或病毒含量的检测，比如近期流行的甲型H1N1流感，转基因动植物基因拷贝数的检测，RNAi基因失活率的检测等。
 

　　2、基因表达差异分析：比较经过不同处理样本之间特定基因的表达差异(如药物处理、物理处理、化学处理等)，特定基因在不同时相的表达差异以及cDNA芯片或差显结果的确证。
 

　　3、SNP检测：检测单核苷酸多态性对于研究个体对不同疾病的易感性或者个体对特定药物的不同反应有着重要的意义，因分子信标结构的巧妙性，一旦SNP的序列信息是已知的，采用这种技术进行高通量的SNP检测将会变得简单而准确。
 

　　4、产前诊断：人们对遗传性物质改变引起的遗传性疾病还无法治疗，到目前为止，还只能只能通过产前监测，减少病婴出生，以防止各类遗传性疾病的发生，如为减少X连锁遗传病患儿的出生，从孕妇的外周血中分离胎儿DNA，用实时PCR荧光定量检测其Y性别决定区基因是一种无创伤性的方法，易为孕妇所接受。
 

　　5、药物疗效考核：对乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)定量分析显示：病毒量与某些药物的疗效关系。HCV高水平表达，干扰素治疗作用不敏感，而HCV低滴度，干扰素作用敏感；在拉米夫定治疗过程中，HBV-DNA的血清含量曾有下降，随后若再度上升或超出以前水平，则提示病毒发生变异。
 

　　6、病原体检测：采用PCR荧光定量检测技术可以对淋球菌、沙眼衣原体、解脲支原体、人类乳头瘤病毒、单纯疱疹病毒、人类免疫缺陷病毒、肝炎病毒、流感病毒、结核分枝杆菌、EB病毒和巨细胞病毒等病原体进行定量测定。与传统的检测方法相比具有灵敏度高、取样少、快速简便等优点。