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技术文章
  • 6 2020-5
    细胞冻存步骤的专业实验流程

    我们知道,在细胞培养检测实验在实验仪器、培养基等等工作上都要耗费不少的人力和体力。好在很久以前就有高人发明了细胞保存这个实验步骤,将暂时多出来的细胞冰冻保存,以极大程度保存细胞活力。一、细胞冷冻保存1.材料:生长良好之培养细胞、新鲜培养基、DMSO(SigmaD-2650)、无菌塑料冷冻保存管(Nalgene5000-0020)、0.4%(w/v)trypanblue(GibcoBRL15250-061)、血球计数盘与盖玻片、等速降温机(KRYO10SeriesII)2.冷冻...

  • 6 2020-4
    解析LncRNA调控肿瘤糖酵解重编程的作用及机制

    1AGPG被鉴定为作为代谢相关的LncRNA为了发现对ESCC发育有显著影响的致癌LncRNA,我们首先从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中鉴定出在ESCC组织中表达高于成对相邻正常组织的LncRNA。然后,我们根据log2差异倍数对这些LncRNA进行分类。接下来,我们建立了一个siRNA库,对于siRNA进行筛选,这些siRNAs还包含了TARGETplus上的专有双链化学修饰,以确保zui佳的链负载和干扰类似microRNA的种子活性,从而减少非目标效应。为了确定可能改...

  • 6 2020-4
    肾脏电解质排泄的昼夜调控-旁分泌因子的作用

    1、肾脏生物钟和近日生理学我们早就知道,人体肾脏生理的一些参数在一天24小时内都遵循特定的昼夜节律(如图1所示)。1950年,Sirota等人就招募了18名健康成年人,对肾功能的日变化进行了初步的探索,研究结果表明与白天相比,夜间的排尿量明显减少。此后不久,Mills和Stanbury进行了另一项研究,他们对健康的成年受试者进行12小时的特定训练来代替正常24小时模式,结果发现尿钠和尿钾的日排泄不受以12小时为周期的进食、饮水和睡眠模式的影响017年诺贝尔生理学或医学奖授予了...

  • 6 2020-4
    综述| J HEMATOL ONCOL:肝癌代谢中的circRNAs

    能量代谢的重编程是由基因组不稳定引起的肿瘤的1个标志。在肿瘤进展中广泛存在的代谢紊乱为癌细胞的生长和分裂提供了必要的来源。与正常成人组织相比,肿瘤内的碳水化合物、脂质和氨基酸代谢可能发生显著的转化变化(图1)。公认的癌症相关的代谢变化包括:葡萄糖和氨基酸摄取失调、利用营养获取的机会模式、利用糖酵解/三羧酸循环(TCA)、用于生物合成和NADPH生产的循环中间体,以及对氮需求的增加。研究肿瘤异常代谢的机制对制定有效的肿瘤治疗策略具有重要意义。这些能量代谢的重新定向是由蛋白质和非...

  • 6 2020-4
    NAT MED:绘制肿瘤细胞系代谢图谱

    1从培养的CCLE细胞系中提取代谢产物体外培养20种主要癌症类型的928个癌细胞系,用于124种极性代谢物和101种脂类的代谢组学分析(图1a)。使用层次聚类来评估细胞系之间的代谢相似性。两个主要的聚类与造血系和非造血系有很强的相关性,表明这两组的主要代谢是有差异的(p1×10−10,Fisher’s确切检验)。为了进一步量化代谢物水平(y)与主要癌症谱系(X)的关系程度,采用线性回归模型进行分析。结果表明,225个代谢物中有148个的谱系...

  • 26 2020-3
    不明觉厉!酰基-生物素交换法是个什么 鬼?

    大家在读医学研究文献时常常会看到1种不明觉厉的研究技术,叫“Acyl-biotinylExchange”,12271228翻译过来就是“酰基-生物素交换法”。这种方法主要用于研究蛋白质所发生的翻译后修饰。大多数蛋白分子都有多个不同的翻译后修饰机制,用以调节蛋白功能。蛋白质zui常见的翻译后修饰方式叫磷酸化,主要发生在丝氨酸、苏氨酸等残基位点上,常常通过特异性的抗体进行检测。除了磷酸化之外,蛋白质的翻译后修饰的方式还有很多,例如糖...

  • 26 2020-3
    基础扫盲贴:如雷贯耳的 BLAST 到底是 啥?

    Blast(BasicLocalAlignmentSearchTool),可谓生信领域zui常用的工具,拿到1段序列(测序结果,或设计好的引物等等),1般都会去blast1下,查找相似序列。在查找相似序列的基础上衍生出了各种作用,比如鉴别基因组,蛋白质,查找特定靶区,检验引物特异性等等。自打1990年由AltschulSF等人开发出来,NCBI引进,至今还在改善,更新算法。量身选用数据库做BLAST不仅要考虑选择哪种算法,还要考虑选哪个数据库来比对。我们zui常用的可能就人1...

  • 26 2020-3
    来聊一聊那些五花八门的生信数据库

    当我们资源不足时,自然会想要找一些省钱的办法来发文章,穷则思变嘛。生信是个好办法,可是有些医生朋友还是觉得不太熟悉,别说后边的分析方法了,就连最开始找数据都不好找。研究肿瘤的比较有福,肿瘤的数据zui丰富了,像大名鼎鼎的TCGA、Ocomine等。可研究其他疾病的怎么办,有没有疾病特异性数据库呢?资源上哪找随着研究成果的积累,大大小小的数据库们就冒了出来,驻扎在互联网的各个角落,现在已1218经有了上千个。找数据比较权wei的资源集中站,是牛津大学出版社的NucleicAci...

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