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基础扫盲贴:如雷贯耳的 BLAST 到底是 啥?

发布时间:2020-03-26浏览:171次

BlastBasic Local Alignment Search Tool),可谓生信领域zui常用的工具,拿到1段序列(测序

结果,或设计好的引物等等),1般都会去 blast 1下,查找相似序列。在查找相似序列的基

础上衍生出了各种作用,比如鉴别基因组,蛋白质,查找特定靶区,检验引物特异性等等。

自打 1990 年由 Altschul SF 等人开发出来,NCBI 引进,至今还在改善,更新算法。

量身选用数据库

BLAST 不仅要考虑选择哪种算法,还要考虑选哪个数据库来比对。我们zui常用的可能就人

1222类或小鼠基因组+转录组,但仍可根据自身情况选择合适的数据库,能大大节省检索时间,

并提高返回的结果的质量和特异性。

不过这么多库怎么选呢,可以点1下旁边的问号(Help),查看选所的数据库的说明:

再者,如果你已经知道你要查的序列来自哪个物种,或你要跟哪个物种比对,也可以在

Organism 选项框中输入,也可以减少 BLAST 的操作程序,节省时间。

不同的序列要用不同的算法

1223BLAST 工具跟1套手术器械似的,不同的算法干不同的活,得根据自己需要的信息,选择需

要的工具。可以看到检索页面上方有 5 个选项卡,分别代表 5 种查询类型。

各大类之下可能还有几个小分类可选:

它们的功能要点总结如下:

1224结果解读

找1小段蛋白序列来试1下那个新算法 Quickblastp。可能是我的序列太短了,并没有感觉到

Quick (0.0) 如果你的序列够长可以体会1下。

首先会看到1个表头,展示这次比对的基本信息,如比对类型、序列长度、所选的数据库等

等,就不贴图了。

接下来就是图形描述(Graphic Summary)。

1225第1部分是保守域,当检测到时才会显示。

第二部分是比对上的序列(hit)在查询序列上的分布。有刻度的条带是序列的坐标,其下的

每1个细条带代表1段 hit,其颜色是按上方的颜色标尺显示比例得分(alignment score),

得分越高,相似度越高。另外还可注意 E valueE 值越低,相似度越高,点击可显示详细信

息。

保守域也可点开查看详情,在每个 hit 上悬浮鼠标可看到它编码的蛋白的 3D 结构图以及功

能等详细说明,在下方的列表中点开+号还可看到具体的序列。

1226这样便可对你的序列特征和功能有个大致的了解

 

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