Blast（Basic Local Alignment Search Tool），可谓生信领域zui常用的工具，拿到1段序列（测序

结果，或设计好的引物等等），1般都会去 blast 1下，查找相似序列。在查找相似序列的基

础上衍生出了各种作用，比如鉴别基因组，蛋白质，查找特定靶区，检验引物特异性等等。

自打 1990 年由 Altschul SF 等人开发出来，NCBI 引进，至今还在改善，更新算法。

量身选用数据库

做 BLAST 不仅要考虑选择哪种算法，还要考虑选哪个数据库来比对。我们zui常用的可能就人

1222类或小鼠基因组+转录组，但仍可根据自身情况选择合适的数据库，能大大节省检索时间，

并提高返回的结果的质量和特异性。

不过这么多库怎么选呢，可以点1下旁边的问号（Help），查看选所的数据库的说明：

再者，如果你已经知道你要查的序列来自哪个物种，或你要跟哪个物种比对，也可以在

Organism 选项框中输入，也可以减少 BLAST 的操作程序，节省时间。

不同的序列要用不同的算法

1223BLAST 工具跟1套手术器械似的，不同的算法干不同的活，得根据自己需要的信息，选择需

要的工具。可以看到检索页面上方有 5 个选项卡，分别代表 5 种查询类型。

各大类之下可能还有几个小分类可选：

它们的功能要点总结如下：

1224结果解读

找1小段蛋白序列来试1下那个新算法 Quickblastp。可能是我的序列太短了，并没有感觉到

Quick (0.0) 如果你的序列够长可以体会1下。

首先会看到1个表头，展示这次比对的基本信息，如比对类型、序列长度、所选的数据库等

等，就不贴图了。

接下来就是图形描述（Graphic Summary）。

1225第1部分是保守域，当检测到时才会显示。

第二部分是比对上的序列（hit）在查询序列上的分布。有刻度的条带是序列的坐标，其下的

每1个细条带代表1段 hit，其颜色是按上方的颜色标尺显示比例得分（alignment score），

得分越高，相似度越高。另外还可注意 E value，E 值越低，相似度越高，点击可显示详细信

息。

保守域也可点开查看详情，在每个 hit 上悬浮鼠标可看到它编码的蛋白的 3D 结构图以及功

能等详细说明，在下方的列表中点开+号还可看到具体的序列。

1226这样便可对你的序列特征和功能有个大致的了解