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实时荧光定量PCR具体实验步骤

发布时间:2020-02-22浏览:1831次

                                                  实时荧光定量PCR具体实验步骤 

1 样品RNA的抽提 

①取冻存已裂解的细胞,室温放置5分钟使其完全溶解。 

②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯fang,盖紧管盖。手动剧烈

振荡管体15秒后,15 到30℃孵育2 到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后

混合液体将分为下层的红色酚氯fang相,中间层以及无色水相上层。RNA 全部被分配于水相

中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%。 

③RNA沉淀 将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀

其中的 RNA,混匀后15 到 30℃孵育 10 分钟后,于 4℃下 12000rpm 离心 10 分钟。此

时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。 

④RNA 清洗 移去上清液,每 1mlTRIZOL 试剂裂解的样品中加入至少 1ml 的 75%乙醇

(75%乙醇用DEPCH2O配制),清洗RNA沉淀。混匀后,4℃下7000rpm离心5分钟。  

⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液,使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。  

⑥溶解 RNA 沉淀 溶解 RNA 时,先加入无 RNA 酶的水 40μl 用枪反复吹打几次,使其完

全溶解,获得的RNA溶液保存于-80℃待用。 

2 RNA质量检测 

1)紫外吸收法测定 

先用稀释用的TE溶液将分光光度计调零。然后取少量 RNA溶液用TE稀释(1:100)后,

读取其在分光光度计260nm和280nm处的吸收值,测定RNA溶液 浓度和纯度。 

① 浓度测定 

A260下读值为1表示 40 µg RNA/ml。样品RNA浓度(µg/ml)计算公式为:A260 ×稀释

倍数× 40 µg/ml。具体计算如下: 

RNA溶于40 µl DEPC水中,取5ul,1:100稀释至495µl的TE中,测得A260 = 0.21 

RNA 浓度= 0.21 ×100 ×40 µg/ml = 840 µg/ml 或 0.84 µg/µl  

取5ul用来测量以后,剩余样品RNA为35 µl,剩余 RNA总量为: 

35 µl × 0.84 µg/µl = 29.4 µg 

②纯度检测 

RNA溶液的A260/A280的比值即为RNA纯度,比值范围1.8到2.1。 

2)变性琼脂糖凝胶电泳测定 

①制胶 

1g琼脂糖溶于72ml水中,冷却至60℃,10 ml的10× MOPS电泳缓冲液和18 ml的37% 

甲醛溶液(12.3 M)。 

10×MOPS电泳缓冲液 

浓度  成分  

0.4M  MOPS,pH 7.0 

0.1M  乙酸钠 

0.01M  EDTA 

灌制凝胶板,预留加样孔至少可以加入25 µl溶液。胶凝后取下梳子,将凝胶板放入电泳槽

内,加足量的1×MOPS电泳缓冲液至覆盖胶面几个毫米。 

②准备RNA样品 

取3µgRNA,加 3倍体积的甲醛上样染液,加EB于甲醛上样染液中至终浓度为10µg/ml。

加热至70℃孵育15分钟使样品变性。 

③电泳 

上样前凝胶须预电泳5min,随后将样品加入上样孔。5–6V/cm电压下2h,电泳至溴酚兰

指示剂进胶至少2–3cm。 

④紫外透射光下观察并拍照 

28S和18S核糖体RNA的带非常亮而浓(其大小决定于用于抽提RNA的物种类型),上

面一条带的密度大约是下面一条带的 2 倍。还有可能观察到一个更小稍微扩散的带,它由

低分子量的RNA(tRNA和5S核糖体RNA)组成。在18S和28S核糖体带之间可以看到

一片弥散的 EB 染色物质,可能是由 mRNA 和其它异型 RNA 组成。RNA 制备过程中如果

出现DNA污染,将会在28S核糖体RNA带的上面出现,即更高分子量的弥散迁移物质或

者带,RNA的降解表现为核糖体RNA带的弥散。用数码照相机拍下电泳结果。 

3样品cDNA合成 

①反应体系 

序号  反应物  剂量 

1  逆转录buffer  2μl 

2  上游引物  0.2μl 

3  下游引物  0.2μl 

4  dNTP  0.1μl 

5  逆转录酶MMLV  0.5μl 

6  DEPC水  5μl 

7  RNA模版  2μl 

8  总体积  10μl 

 

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。 

②混合液在加入逆转录酶 MMLV 之前先 70℃干浴 3 分钟,取出后立即冰水浴至管内外温

度一致,然后加逆转录酶0.5μl,37℃水浴60分钟。 

③取出后立即95℃干浴3分钟,得到逆转录终溶液即为cDNA溶液,保存于-80℃待用。 

4梯度稀释的标准品及待测样品的管家基因(β-actin)实时定量PCR  

①β-actin 阳性模板的标准梯度制备 阳性模板的浓度为 1011,反应前取 3μl 按 10 倍稀释

(加水27μl并充分混匀)为1010,依次稀释至109、108、107、106、105、104,以备用。

 

②反应体系如下: 

标准品反应体系 

序号  反应物  剂量 

1   SYBR Green 1 染料  10μl 

2  阳性模板上游引物F  0.5μl 

3  阳性模板下游引物R  0.5μl 

4  dNTP  0.5μl 

5  Taq酶  1μl 

6  阳性模板DNA  5μl 

7  ddH2O  32.5μl 

8  总体积  50μl 

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。 

管家基因反应体系: 

序号  反应物  剂量 

1  SYBR Green 1 染料  10μl 

2  内参照上游引物F  0.5μl 

3  内参照下游引物R  0.5μl 

4  dNTP  0.5μl 

5  Taq酶  1μl 

6  待测样品cDNA  5μl 

7  ddH2O  32.5μl 

8  总体积  50μl 

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。 

③制备好的阳性标准品和检测样本同时上机,反应条件为:93℃ 2分钟,然后93℃ 1分

钟,55℃ 2分钟,共40个循环。 

5 制备用于绘制梯度稀释标准曲线的DNA模板 

①针对每一需要测量的基因,选择一确定表达该基因的cDNA模板进行PCR反应。 

反应体系: 

序号  反应物  剂量 

1  10× PCR缓冲液  2.5 ul 

2  MgCl2 溶液  1.5 ul 

3  上游引物F  0.5 ul 

4  下游引物R  0.5 ul 

5  dNTP混合液  3 ul 

6  Taq聚合酶  1 ul 

7  cDNA  1 ul 

8  加水至总体积为  25ul 

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。 

35个PCR循环(94℃1分钟;55℃1分钟;72℃1分钟); 72ºC延伸5分钟。 

②PCR 产物与 DNA Ladder 在 2%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色,检测 PCR 产物是否

为单一特异性扩增条带。 

③将 PCR 产物进行 10 倍梯度稀释: 将 PCR 产物进行 10 倍梯度稀释: 设定 PCR 产物浓度

为1×1010,依次稀释至109、108、107、106、105、104几个浓度梯度。 

6 待测样品的待测基因实时定量PCR  

①所有cDNA样品分别配置实时定量 PCR反应体系。 

体系配置如下: 

序号  反应物  剂量 

1  SYBR Green 1 染料   10 ul 

2  上游引物  1ul 

3  下游引物  1ul 

4  dNTP   1ul 

5  Taq聚合酶  2ul 

6  待测样品cDNA  5ul 

7  ddH2O   30ul 

8  总体积  50 ul 

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。 

②将配制好的PCR反应溶液置于Realtime PCR仪上进行PCR扩增反应。反应条件为:93℃

2分钟预变性,然后按93℃ 1分钟,55℃1分钟,72℃1分钟,共40做个循环,最后72℃

7分钟延伸。 

7 实时定量PCR使用引物列表 

引物设计软件:Primer Premier 5.0,并遵循以下原则:引物与模板的序列紧密互补;引物

与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构;引物不在模板的非目的位点引发DNA 聚合

反应(即错配)。 

 

8 电泳 

各样品的目的基因和管家基因分别进行Realtime PCR反应。PCR产物与 DNA Ladder在

2%琼脂糖凝胶电泳,GoldView™染色,检测PCR产物是否为单一特异性扩增条带。 

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